La leishmaniose viscérale, appelée également kala-azar (qui signifie "fièvre noire" en hindi) est la forme la plus sévère de la leishmaniose. Une fois introduit dans l'organisme, le parasite se multiplie et attaque le système immunitaire. Une partie des personnes infectées développent la maladie en quelques mois, et présentent une fièvre élevée, une perte de poids et une rate gonflée. Non traité, le kala-azar tue inéluctablement, généralement en moins d'un an. Les malades dont les défenses immunitaires sont affaiblies par le parasite, succombent le plus souvent à des infections banales comme la pneumonie ou la diarrhée. La malnutrition qui, elle aussi, provoque un affaiblissement de l'organisme, favorise l'apparition de la maladie et augmente les probabilités de décès dus à l'infection.

La plupart des personnes infectées vit dans cinq pays tropicaux : le Soudan, l'Inde, le Bangladesh, le Népal et le Brésil. Cependant, la maladie s'étend peu à peu à d'autres régions, du fait de changements environnementaux et des migrations forcées. Le nombre de cas détectés est en sensible augmentation. Les effets conjugués de la guerre, de la famine et des mouvements de populations peuvent provoquer des explosions épidémiques. C'est le cas notamment au Sud Soudan où l'une des plus grandes épidémies jamais observées s'est développée dans le sillon de la guerre.

Soudan, 1988.
La guerre fait rage entre les troupes de Khartoum et les rebelles. Les régions touchées par le conflit, sont victimes d'une grave famine. Des millions de personnes fuient le Sud du Soudan pour aller trouver refuge au nord du pays. Au mois d'octobre, Peter de Beer, un médecin MSF travaillant à Khartoum, s'aperçoit que des personnes déplacées meurent d'une étrange maladie. Les malades, faibles et émaciés, souffrent d'anémie, présentent une très grosse rate et meurent en quelques semaines ou quelques mois. Tous originaires de la région de Bentiu, au Sud du Soudan, ils ont fui la guerre et la famine. Les familles déclarent avoir perdu des proches, frappés par la même maladie et décédés avant ou pendant l'exode. En quelques jours, Peter recense plus de 50 personnes présentant des symptômes identiques. Contrairement à la plupart des médecins MSF, qui pensent à une épidémie de fièvre typhoïde, Peter est convaincu qu'il s'agit d'une maladie parasitaire qu'il a récemment étudiée en Europe : le kala-azar. Jusqu'ici, elle n'était connue qu'à l'est du pays, non à Khartoum ni au Sud. Malgré le scepticisme de ses confrères, Peter recueille des échantillons sanguins et les envoie pour analyse en Europe. Les résultats confirment son hypothèse : il s'agit bien du kala-azar.

MSF fait venir d'Europe un test spécial pour le dépistage de la maladie, ainsi qu'un médicament, le SSG. A Khartoum, un centre de traitement est mis sur pied en collaboration avec le ministère soudanais de la Santé. Les tests de dépistage ne tardent pas à révéler que près de la moitié des personnes venant de Bentiu est infectée par le parasite. Plus de 700 cas sont diagnostiqués et soignés à Khartoum au cours de la première année. D'autres sont ensuite découverts dans les grandes villes le long de la route reliant Bentiu à Khartoum. MSF y installe trois centres de traitement supplémentaires.

Au même moment, à un millier de kilomètres de Khartoum, une autre équipe MSF entre clandestinement au Sud Soudan (à l'époque, le gouvernement de Khartoum interdit l'accès à cette région) pour s'installer dans le village isolé de Leer, dont la population est gravement affectée par la guerre et la famine. La localité ne dispose d'aucune infrastructure. Quelques semaines plus tard, apprenant qu'une étrange maladie sévit dans d'autres villages de la région, l'équipe part à pieds se rendre compte de la situation. Ici, des villages avaient été abandonnés. Là, la maladie avait tué la moitié du village... L'état de santé de la plupart des survivants est lamentable : abdomen gonflé et jambes décharnées. Pensant qu'il s'agit de fièvre typhoïde, les médecins commencent à soigner les malades avec des antibiotiques. Leur état ne s'améliore pas.

Les deux équipes présentes au Soudan ne peuvent communiquer entre elles, car elles se trouvent de part et d'autre de la ligne de front. C'est au siège de MSF-Hollande que le lien est établi entre les deux évènements : le médecin responsable du Soudan réalise que les malades du Sud Soudan et les patients de Khartoum souffrant du kala-azar viennent de la même région de Bentiu. C'est ainsi que la réelle nature de la maladie est identifiée puis confirmée par des analyses de laboratoire. Le parasite du kala-azar aurait été introduit dans la région de Bentiu par des troupes rebelles, infectées pendant leur formation à l'est du Soudan. De récentes modifications environnementales avaient par ailleurs augmenté le nombre de vecteurs (les phlébotomes). La guerre et la famine se sont chargées d'alimenter l'épidémie, qui a sévi de 1984 à 1994. Selon une étude, le kala-azar aurait fait 100 000 victimes au cours de cette période.